Une seule bactérie pour restaurer les fonctions du microbiote et prévenir les infections à Clostridioides difficile ?

L’infection à Clostridioides difficile (C. difficile) est l’une des principales causes de diarrhée liée aux antibiotiques. Chez certains patients, elle récidive à plusieurs reprises, notamment parce que les traitements antibiotiques perturbent profondément le microbiote intestinal et diminuent sa capacité naturelle à empêcher le développement de la bactérie. La transplantation de microbiote fécal est aujourd’hui l’un des traitements les plus efficaces de ces formes récidivantes. Elle consiste à administrer un microbiote complexe provenant d’un donneur, avec des contraintes importantes de sélection, de production et de standardisation.

Dans l’étude LIVEDIFF, les chercheurs ont testé une approche beaucoup plus ciblée : l’administration d’un candidat médicament développé par Exeliom Biosciences pour délivrer oralement une souche unique de Faecalibacterium prausnitzii, une espèce de bactérie naturellement présente dans le microbiote intestinal sain.

Six patients présentant des infections récidivantes à C. difficile ont reçu la bactérie pendant huit semaines après le traitement antibiotique de leur épisode infectieux. Aucun effet indésirable grave attribuable au traitement n’a été observé. Cinq patients sur six n’ont présenté aucune nouvelle récidive à huit semaines, un résultat comparable à celui d’une population appariée de patients traités par transplantation de microbiote fécal. Cette étude de phase I montre une bonne tolérance au traitement, et suggère qu’une seule bactérie pourrait contribuer à restaurer plusieurs fonctions protectrices du microbiote intestinal. Ces résultats doivent désormais être confirmés par l’essai randomisé de phase II en cours.

Les analyses du microbiote montrent également que la prise de ce traitement était associé à) une amélioration  des fonctions impliquées dans la résistance à C. difficile. Cette amélioration était comparable à celle observée après transplantation de microbiote fécal, malgré une restauration moins importante de la diversité bactérienne.

"Ce travail suggère qu’il n’est peut-être pas nécessaire de reconstruire toute la diversité du microbiote pour restaurer certaines de ses fonctions protectrices. Une seule souche bactérienne pourrait contribuer à réorganiser plusieurs fonctions de l’écosystème intestinal, notamment via la production de molécules clés comme certains acides biliaires et acides gras à chaîne courte. C’est une première étape vers des traitements du microbiote plus précis, standardisés et mécanistiquement définis." Dr Nicolas Benech, service d’hépato-gastroentérologie de l’hôpital de la Croix-Rousse.