Plateforme microbiologie phénotypique et protéomique

 L'Institut des Agents Infectieux rassemble les disciplines de microbiologie (bactériologie, virologie, parasitologie-mycologie) organisées en plateaux et héberge 4 CNR - Centres Nationaux de Référence (CNR enterovirus et parechovirus, légionelles, staphylocoques et virus des infections respiratoires - dont la grippe) et 3 LBMR - Laboratoire de Biologie Médicale de Référence (Toxoplasmose maternelle et congénitale, Nocardioses, Endocardites infectieuses). L'institut des Agents Infectieux des HCL est nommé ESR - Etablissement Santé de Référence - pour les maladies infectieuses émergentes et rééemergentes. 

Cette plateforme s'appuie sur: 
- un plateau de microbiologie 24h/24 et 7j/7
- un secteur mycobactéries
- un secteur de virologie spécialisée
- un secteur de parasitologie-mycologie

Cette plateforme offre une expertise pour le diagnostic direct de tous types d'agents pathogènes. 

Expertises et services 

Cette plateforme propose les services suivants: 

• Culture

- Isolement en L2 à partir de prélèvements cliniques de virus de la grippe, VRS, rhinovirus et entérovirus, parainfluenzae, adénovirus, virus herpes simplex de type 1 et de type 2, virus de la varicelle et du zone, cytomégalovirus
- Isolement en L2 à partir de prélèvements cliniques des bactéries, levures et des champignons filamenteux
- Isolement en L3 à partir de prélèvements cliniques de SARS-Cov2, monkeypox, de mycobactéries et bactéries et champignons de type 3
- Mesure des capacités réplicatives des virus isolés 
Les cultures peuvent être utilisées pour l'identification par séquencage en lien avec la plateforme PETRA "GENEPII (Génome microbien et Microbiote)" et la réalisation des antibiogrammes, antifongigrammes et antivirogrammes en lien avec la Plateforme PETRA "Activité des antimicrobiens".

• Identification

- Identification non-moléculaire des pathogènes (bactéries, levures, champignons filamenteux) par protéomique MALDI-TOF. 
- Diagnostic intégré histo-moléculaire : relecture de lames d'anatomopathologie pour confirmer la présence d’un parasite ou d’un champignon permettant une première approche d’identification. Cet examen microscopique est suivi d'une identification moléculaire par PCR spécifique ou non à partir d'ADN extrait du bloc après macro-dissection (activité en lien avec les plateformes GENEPII et diagnostic).
- Expertise microscopique en parasitologie et mycologie (examen direct des prélèvements, identification microscopique des parasites dans les selles, le sang et autres liquides biologiques, identification des champignons filamenteux en culture)

• Test de séroneutralisation pour caractériser l'évolution antigénique des virus
• Expertise process : cette plateforme offre une expertise sur les process automatisés et non automatisés d'un laboratoire 24/7. 

Equipements

Spectromètre MALDI-TOF, Chaine de microbiologie automatisée Copan-bioMérieux, équipement pour le suivi des cultures cellulaires en temps réel (real time cellular assay RTCA)