Plateforme activité des antimicrobiens

Cette plateforme propose des outils d'évaluation de l'activité de molécules et/ou du niveau de résistance de souches aux molécules antimicrobiennes (antibiogramme/antivirogramme/antifongi gramme), mesures de CMI (concentration minimale inhibitrice), CMB (concentration minimale bactéricide), MBEC (concentration minimum d'éradication de biofilm), recherche de gènes/mutations de résistance. Certaines des analyses peuvent être conduites directement sur des échantillons cliniques. La plateforme dispose d’une large collection de souches de référence et de souches cliniques représentatives de la diversité des souches circulants en France et en Europe parfaitement caractérisées au niveau phénotypique et génotypique. Cette plateforme propose aussi l'analyse des données épidémiologiques longitudinales de ces résistances sur la base des analyses des souches cliniques de l’IAI (Institut des Agents Infectieux). Cette expertise d'appuie sur une équipe de plus de 40 microbiologistes, et couvre l’ensemble des pathogènes et des contextes pathologiques. 
La plateforme offre aussi l’opportunité de développement à façon, en fonction du projet, de tests et d'approches permettant i) l'identification des résistances et des mécanismes de résistances au niveau phénotypique et/ou moléculaire sur souches ou directement sur prélèvements cliniques/microbiotes, ii) le suivi in vitro de l'émergence de ces résistances, iii) l'étude de la corrélation entre résistances in vitro aux antimicrobiens et succès/échecs cliniques, iii) la recherche des mécanismes d’action ou de résistance pour les anti-bactériens 
Cette plateforme propose une expertise globale mais aussi renforcée sur certains domaines couvrant les 4 Centres Nationaux de Référence (CNR sur les virus des infections respiratoires, CNR associée sur les entérovirus, CNR des légionelles, CNR des staphylocoques - qui est aussi un centre associé au CNR des résistances aux antibiotiques.
La plateforme dispose en plus d’une expertise reconnue dans l’analyse de l’activité des antibactériens sur les bactéries i) au sein du biofilm, ii) en position intracellulaire (ostéoblastes, cellules épithéliales, macrophages, PBMC). Enfin la plateforme dispose de 2 laboratoires L3 permettant de réaliser certaines de ces analyses et études sur des souches exigeant ce type d'environnement : M. tuberculosis, pathogènes appartenant au référentiel NRBC, etc. 
L'Institut des Agents Infectieux des HCL est aussi Etablissement de Santé de Référence (ESR) pour les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes.

Expertises et services

Le champ d’expertise s’étend de la routine hospitalière (dont des analyses accréditées) à la recherche translationnelle (développement de tests à façon). En bactériologie, le champ d'expertise couvre l’étude de la sensibilité aux antibiotiques en termes i) phénotypique avec rendus S/I/R, CMI, CMB, MBEC en milieu liquide, milieu solide, en biofilm, en culture cellulaire, ii) génotypique avec détection des gènes/mutations conférant la résistance par des approches PCR ou WGS.En virologie, le champ d'expertise couvre l’étude de la sensibilité aux antiviraux pour les viroses respiratoires, les viroses émergents, les Herpesviridae, le VIH et ainsi que l'évaluation de la neutralisation virale par anticorps monoclonaux : 
- Activité de séroneutralisation en technique standard ou en culture temps réel pour les viroses respiratoires (grippe, VRS, SARS-CoV-2) et les viroses émergentes (Monkeypox, MERS-CoV, grippe aviaire),
- Activité d'antivirogramme par analyse fluorimétrique pour évaluer la sensibilité des virus influenza aux inhibiteurs de neuraminidase,
- Activité d'antivirogramme par mesure de la concentration inhibitrice (IC50) en technique standard ou en culture temps réel pour les viroses respiratoires (grippe, VRS, SARS-CoV-2), les viroses émergentes (Monkeypox, MERS-CoV, grippe aviaire) et les herpes virus (HS1 et HSV2)
En Mycologie, le champ d'expertise couvre l’étude de la sensibilité aux antifongiques par méthode génotypique et phénotypique.

Equipements

Automates VITEK 2, Automates SirScan, Automate BiofilmCare, Suivi  de biomarqueurs de viabilité cellulaire.
Plateforme de d’amplification et de séquençage (Illumina, Nanopore) 
Système de culture cellulaire en temps réel : 2 Xcelligence RTCA DP + 1 Xcelligence RTCA SP (Agilent)