Plateforme de transcriptomique et biopsie liquide

Elle propose depuis 2017 : 
- Des prestations autour des technologies Nanostring de quantification de transcrits/protéines sur échantillons extraits (nCounter) ou directement sur les coupes de tissus (Digital Spacial Profiler). 
- Des prestations autour des technologies de séquençage à haut-débit sur ADN tumoral circulant (ctDNA) pour analyse génomique et du méthylome.
Les projets sont pris en charge par une équipe associant biologistes moléculaires et pathologistes (design des panels, extraction, mise au point d'anticorps, sélection des zones d'intérêt, etc). Une analyse avancée des données générées est également proposée.

Expertises et services

1/ Analyse transcriptomique : Plateformes de quantification simultanée d'un grand nombre de transcrits sur ARN extraits (technologie Nanostring nCounter, jusqu'à 800 gènes) ou de protéines et/ou transcrits sur tissus fixés en conservant l'information spatialisée (technologie GeoMx Digital Spacial Profiler, panels ciblés jusqu'au whole transcriptome). Ces approches permettent de comparer le phénotype dans une condition expérimentale ou une pathologie par rapport à une condition contrôle : voies de signalisation, microenvironnement immunitaire, réponse à un traitement/une pathogène, classification moléculaire, etc.
Compétences analytiques : prise en charge complète du projet depuis l'extraction des ARN à partir de sang, tissu, cellules jusqu'au rendu des résultats normalisés. Assistance à la définition des régions d'intérêt, création de masques à façon pour segmentation, etc. Analyse avancée des données générées proposée en complément des prestations techniques (expression différentielle des gènes, heatmaps, analyse en composantes principales, etc).
2/ Biopsie liquide : profilage génomique et méthylation de l'ADN tumoral circulant. Méthylation des nucléosomes circulants

Equipements

Plateforme nCounter Flex (NanoString)
Plateforme GeoMx DSP (NanoString)
Séquenceur Next-Seq ou Nova-Seq (Illumina) pour les panels CTA (Cancer Transcriptome Atlas, 1800 gènes) ou WTA (Whole Transcriptome Atlas, 18 000 gènes)
Immunodosage pour la méthylation des nucléosomes circulants