Plateforme de transcriptomique et épigénétique

Elle propose   des prestations de profilages moléculaires basées sur : 
- des technologies “Nanostring “de quantification de transcrits et/ou de protéines sur des échantillons extraits (nCounter) ou directement sur les coupes de tissus inclus en paraffine ou congelés (GeoMx Digital Spacial Profiler) ;
-  des technologies de séquençage à haut-débit “petits fragments NGS-illumina” ou “long fragment-nanopore” sur ADN tumoral circulant (ctDNA) pour des analyses génomiques somatiques et du méthylome.

Un accompagnement de gestion de projet, depuis sa conception jusqu'à sa réalisation, peut être proposé. Les projets sont pris en charge par une équipe associant biologistes moléculaires et pathologistes (design des panels, extraction, sélection des zones d'intérêt…). Des analyses bio-informatiques et biostatistiques des données générées peuvent être réalisées sur demande.

Expertises et services

1/ Analyses transcriptomiques : Plateformes de quantification simultanée d'un grand nombre de transcrits sur ARN extraits (technologie Nanostring nCounter, jusqu'à 800 gènes) ou de protéines et/ou transcrits sur tissus fixés en conservant l'information spatialisée (technologie GeoMx Digital Spacial Profiler, panels ciblés jusqu'au whole transcriptome). Ces approches permettent de comparer le phénotype dans une condition expérimentale ou une pathologie par rapport à une condition contrôle : voies de signalisation, micro-environnement immunitaire, réponse à un traitement/un pathogène, classification moléculaire…
Compétences analytiques : prise en charge complète du projet depuis l'extraction des ARN à partir de sang, tissu, cellules jusqu'au rendu des résultats normalisés. Assistance à la définition des régions d'intérêt, création de masques à façon pour segmentation... Analyse avancée des données générées proposée en complément des prestations techniques (expression différentielle des gènes, heatmaps, analyse en composantes principales…).

2/ Profilage génomique et méthylation directe (Nanopore) de l'ADN tumoral circulant. Méthylation des nucléosomes circulants dans les différents fluides biologiques.

Equipements

Plateforme nCounter Flex (NanoString)
Plateforme GeoMx DSP (NanoString)
Séquenceur Next-Seq ou Nova-Seq (Illumina) pour les panels utilisés pour la DSP : CTA (Cancer Transcriptome Atlas, 1800 gènes) ou WTA (Whole Transcriptome Atlas, 18 000 gènes)
Immunodosage pour la méthylation des nucléosomes circulants