Plateforme GENEPII

Cette plateforme assure l’étude métagénomique et fonctionnelle du microbiome qui peut être associée à l’analyse métabolomique ciblée en lien avec la plateforme PETRA "Metabolomique (maladie du métabolisme, métanutribiota - métabolomique et volatolomique, endocrinologie)" et l’analyse par culturomique en lien avec la plateforme PETRA "Microbiologie phénotypique et protéomique" de l’IAI. 
Elle assure également la génomique microbienne ciblée, de métagénomique et métatranscriptomique sur des prélèvements cliniques, biologiques, environnementaux, ou sur des souches microbiennes pour l'identification de pathogènes, l'analyse des génomes complets, la définition de biomarqueurs et la biosafety.
L'institut des Agents Infectieux des HCL est nommé ESR - Etablissement Santé de Référence -pour les maladies infectieuses émergentes er rééemergentes. 

Expertises et services 

Microbiote : Métagénomique et fonctionnelle du microbiome 
- Approche de métagénomique ciblée (analyse 16S du microbiote, ITS du mycobiote) et non ciblée shot-gun (en cours) et de métatranscriptomique
- Approche multi-omics associée à une expertise analytique bio-informatique et une expertise scientifique via le lien  avec le GT Groupe d'Etude du Microbiote (GEM) des HCL regroupant des experts cliniciens, biologistes et chercheurs dans l’étude du microbiome. 

- Génome microbien : Génomique microbienne ciblée, de métagénomique et métatranscriptomique 
- Pathogen Discovery par métagénomique et/ou métatranscriptomique et analyse bioinformatique dont assemblage de novo. 
- Définition de biomarqueurs microbiens du métagénome ou métatranscriptome, de résistance, et/ou de virulence.
- Biosafety et contrôle qualité pour l’analyse des contaminants, la vérification des génomes vaccinaux.
- Identification des espèces bactériennes, fongiques, virales d’échantillons complexes, cliniques, biologiques ou environnementaux.
- Génomique comparative pour l’étude de la diffusion et de la transmission des pathogènes humains ou animales.

Équipements  

1 Starlett (Hamilton), 1 MGI (BGI), 1 Maxwell (Promega) pour l’extraction des acides nucléiques
1 Mosquito HV (SPTLabtech) et 1 Dragonfly Discovery (SPTLabtech) qui permettent de préparer les amplicons en amont du séquençage dans une pièce pré-PCR
2 Mosquito HV (SPTLabtech) et 1 Dragonfly Discovery (SPTLabtech) dans une pièce post-PCR pour la préparation des banques de séquençage de type DNAPrep (Illumina)
un Dreamprep (Tecan) dédié à la métatranscriptomique
un EpMotion (Eppendorf) pour la préparation de banques de séquençage pour ONT

Les séquenceurs présents sur GenEPII sont : 1 NextSeq550 (Illumina), 1 NovaSeq 6000 (Illumina), 1 Gridion (ONT) et plusieurs minION (ONT)

Infrastructure informatique :
3 serveurs de calcul en miroir (CPU Intel Xeon Gold 6242R 20C/40T, 768GB RAM chacun, 20T de stockage chaud)
1 serveur de calcul (CPU Intel Xeon Gold 5317 24C/48T, 2xGPU Ampere A30, 192GB RAM, 10T de stockage chaud)
1 serveur possédant des cartes GPU; 500 To d’espace de stockage long terme.