Plateforme métabolomique

Résumé
La plateforme PETRA de « Métabolomique nutritionnelle, endocrinienne et métabolique » est une plateforme des Hospices Civils de Lyon située au sein des Centres de Biologie et Pathologie Sud et Est.

Cette plateforme propose des approches ciblées de métabolomique, lipidomique et volatolomique quantitatives par spectrométrie de masse alliant des compétences à la fois analytiques et biostatistiques pour l’analyse des données.

Expertises et services

La plateforme propose les expertises suivantes : 

  • METANUTRIBIOTA : Fonctionnalité métabolique du microbiote intestinal 
    • Approche métabolomique et lipidomique ciblée quantitative par LC-MS/MS
    • Approche volatolomique pour quantification des composés organiques volatils par GC-MS couplée à un module de thermodesorption (TD/GC-MS)
    • Compétences à la fois analytiques et biostatistiques permettant d'identifier des signatures métabolomiques discriminantes
      -> métabolites associés à des variations de composition du microbiote (sérum, urine, selles, air expiré, …)
  • Nutrition : 
    • Dosage de vitamines, acides gras, marqueurs de stress oxydatif, tests respiratoires, marqueurs d'inflammation et de perméabilité intestinale,
    • Exploration phénotypique des dyslipidémies, du diabète et de l’obésité (marqueurs de satiété, d'insulino-sensibilité...)
  • Hormonologie  : 
    • Dosage d’hormones stéroïdes isolées ou en panels dans divers fluides biologiques (sang, urine, salive, LCR, liquides amniotiques, sang séché)
    • Dosages d’hormones peptidiques dans diverses matrices biologiques
    • Dosage des hormones du rythme circadien
  • Biologie tumorale :
    • Dosage de marqueurs tumoraux, hormones peptidiques digestives, catécholamines et dérivés dans différentes matrices biologiques (sang, urine, LCR, milieu de culture...)
    • Maladies Héréditaires du Métabolisme :
    • Détection / quantification de biomarqueurs et établissement de profils métaboliques à partir de différents fluides biologiques (incluant le sang déposé sur buvard), tissus, cellules en culture d’origine humaine ou d’autres espèces : exploration de nombreuses voies métaboliques, métabolisme intermédiaire (acides aminés, acides organiques …), métabolisme lysosomal, peroxysomal, énergétique, sphingolipidomique
    • Mesure d’activités enzymatiques spécifiques dans les cellules cultivées, tissus, biopsies, sang (plasma/sérum, leucocytes, sang déposé sur buvard...)

Equipements 
LCMSMS, GCMS, HPLC, GC-FID, immunoanalyse (dont radioanalyse)
TD-GC-MS 
MARKES (module de thermo-désorption)
 

Dernière mise à jour le :
Blocs libres

Responsables scientifiques : Dr Karim Chikh (métabolomique-nutrition) ; Dr Véronique Raverot -(endocrinologie) ; Dr David Cheillan (Maladies héréditaires  du m Métabolisme) ; Laurence Chardon (biologie  tumorale)
Localisation : Laboratoire de Biologie Médicale Multi Sites (LBMMS) des HCL
Service de Biochimie et Biologie moléculaire, Centre de Biologie et Pathologie Sud, Groupement Hospitalier Sud 
Service de Biochimie et Biologie moléculaire, Centre de Biologie et Pathologie Est , Groupement Hospitalier Est 
Définition : plateforme technologique et d'expertise
Thématique : biologie
Discipline : biochimie et biologie moléculaire
Application médicale : gastro-entérologie, néphrologie, hépatologie, neurologie, endocrinologie, métabolisme, gériatrie, nutrition, rhumatologie, cancer, infectiologie, pathologies modifiant le métabolisme et le microbiote
Contact - hcl.petra@chu-lyon.fr

Mots clés : biomarqueurs, métabolomique, volatolomique, microbiote, lipidomique,  nutrition, endocrinologie, hormonologie, chronobiologie, mélatonine, stéroïdes, acides aminés, acides organiques, sphingolipides, acide sialique, oligosaccharides, glycosaminoglycanes, tétraglucose, créatine, acides gras à très longue chaîne (AGTLC), lysosphingolipides, activités enzymatiques lysosomales,  glycogène, acide gras à longue chaines, vitamines,  stress oxydatif, tests respiratoires, dyslipidémies, marqueurs de satiété, d'insulino-sensibilité, d’inflammation et de perméabilité intestinale, tumeurs neuro-endocrines, paragangliomes