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La plateforme de recherche de l'Institut de cancérologie des HCL (IC-HCL) est la structure support de la DRS exclusivement dédiée à la cancérologie solide.
La plateforme PETRA "Plateforme de biothérapies - Thérapie cellulaire et tissulaire et bioproduction de thérapies innovantes" possède plus de 35 ans d'expérience en culture cellulaire à visée thérapeutique (culture d'épiderme pour le recouvrement des brûlés) et plus de 20 ans en conservation de tissus humains (cornées, membranes amniotiques). Etablissement et procédés autorisés par l'ANSM.
La plateforme PETRA "Transcriptomique et épigénétique (relations génotype-phénotype)" est une plateforme de biologie moléculaire hospitalière (CHU de Lyon) localisée au sein du Centre de Biologie et Pathologie de l'hôpital Lyon Sud.
Située au sein des Centres de Biologie et Pathologie Est et Sud, la plateforme PETRA "séquençage ADN et structure des génomes" offre de multiples services d'étude du génome humain du chromosome à l'ADN. Elle dispose d'une diversité d'outils technologiques et d'expertises médicales permettant la détection, caractérisation, interprétation des millions de variations présentes dans le génome d'un individu.
La plateforme PETRA "Post-génomique constitutionnelle" est une plateforme hospitalière des Hospices Civils de Lyon localisée au sein du Centre de Biologie et Pathologie Est.
La plateforme PETRA "Pathologie expérimentale et technologie tissulaire in-situ humaine et animale" est une platforme de pathologie expérimentale humaine (GHE et GHS) ou animale (GHS)  permettant le management des tissus solides et cytologie liquide, du conditionnement en passant par la préparation des coupes, la coloration et immunomarquage, micro dissection laser et la numérisation. 
La plateforme PETRA d’immuno-monitorage translationnel et clinique regroupe les expertises biologiques en lien avec la caractérisation de la réponse immunitaire qui sont présentes au sein du Laboratoire de Biologie Médicale Multi Sites (LBMMS), laboratoire des HCL accrédité par le COFRAC pour la réalisation d’analyses de biologie médicale.
La plateforme PETRA "Hémostase" fait partie intégrante du service d’hématologie biologique des HCL.
La plateforme PETRA "Phages thérapeutiques" bénéficie de l’expertise de membres de l’Institut des des Agents Infectieux (IAI-LBMMS), des PUI du GHC et du GHN des HCL, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI-Inserm U1111), du Laboratoire de Biologie Tissulaire et d’Ingénierie thérapeutique (LBTI-UMR 5305), du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE-UMR 5558), du CRIOAc Lyon-AuRA et de l’Institut des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Lyon (ISPB Lyon).
La plateforme de « Biologie Médicale pour le Diagnostic » s'appuie sur le Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites (LBMMS) des Hospices Civils de Lyon ;
La plateforme PETRA "Activité des Antimicrobiens" regroupe les expertises de microbiologie (bactériologie, virologie, parasitologie et mycologie) présentes au sein du LBMMS.
La plateforme PETRA "Dosages pharmacotoxicologiques et pharmacogénétique" est une plateforme des Hospices Civils de Lyon située au sein Centre de Biologie et Pathologie Sud. Elle propose des prestations basées sur de la spectrométrie de masse spécialisée en pharmacologie et toxicologie et sur des techniques de séquençage à haut débit “petits fragments” ou “longs fragments” en pharmacogénétique.
La plateforme PETRA "Microbiologie phénotypique et protéomique" est rattachée à l'Institut des Agents Infectieux
La plateforme PETRA "Laboratoire L3 - Agents infectieux (hors prions)" propose un laboratoire de sécurité de niveau III situé au sein de l'Institut des Agents Infectieux sur le Groupement Hospitalier Nord (Hôpital de la Croix-Rousse).
Le Service d’Evaluation Economique en Santé (SEES) a pour objectif d’apporter au Pôle de Santé Publique, à toute la communauté des Hospices Civils de Lyon et à son territoire, les compétences et l’expertise nécessaires à la mise en place d’actions, d’évaluations de programmes en santé et d’études de recherche dans ce domaine.
La CEDMI est une structure transversale dédiée à l'évaluation des Dispositifs Médicaux (DM), notamment innovants.
La plateforme de recherche appliquée en vaccinologie est à l'intitiative d'essais vaccinaux et participe à des essais à promotion externe (académique/ industrielle), dans le cadre du réseau i-REIVAC.
Plateforme de préparation de suspensions de microbiote fécal pour transplantation de microbiote fécal (TMF).
Actuellement, la France ne dispose pas d'un système de surveillance hospitalière en temps quasi réel permettant de suivre les hospitalisations pour diverses maladies infectieuses, dont les infections respiratoires aiguës sévères (IRA), et de mesurer l'impact des phénomènes émergents.
Pour combler cette lacune, ce projet vise à mettre en place un réseau national d'hôpitaux impliqués dans la surveillance épidémiologique de routine en temps quasi réel et dans la réponse aux urgences sanitaires
L'action conjointe JACARDI a été conçue pour intégrer les meilleures pratiques validées et/ou des interventions dans les pays et régions par le biais d'initiatives pilotes transnationales, en complétant et renforçant les politiques et programmes existants. Les HCL participent à cette action conjointe en tant qu'entité affiliée à Santé Publique France.
Le consortium oncNGS souhaite répondre aux besoins médicaux non satisfaits identifiés pour tous les patients atteints de cancer en établissant une stratégie commune de profilage des tumeurs permettant d'offrir à tous un accès égal aux traitements innovants, en réalisant des analyses de recherche sur les résultats après les traitements avec des thérapies ciblées et en limitant
les inégalités dues aux coûts élevés des tests de diagnostic.
L'objectif du projet ANGELA est d'évaluer le rendement diagnostique du Cytosponge combiné à des biomarqueurs tissulaires et à des biomarqueurs moléculaires pour la détection du carcinome épidermoïde de l'œsophage.
Les Réseaux Européens de Référence sont des projets financés par la Commission Européenne depuis 2017 dans le cadre de la lutte contre les maladies rares. L'action conjointe JARDIN a pour but de renforcer l'impact des ERN en améliorant leur intégration dans les systèmes de soins nationaux.
Plus de 20 millions de citoyens européens atteints d'une maladie neurologique (nombre croissant) ont besoin de réadaptation. Les modèles de soins actuels ne sont pas en mesure de fournir une réponse efficace et rentable. Le projet NeuroRehab4EU a pour objectif de proposer un modèle durable de neuroréadaptation à l'échelle de l'UE, tout au long du continuum de soins.
Dans le cadre de l'objectif européen d'amélioration de la préparation et réponse aux pandémies, le projet PAIR a pour objectif d'associer des tests rapides et fiables à une modélisation complète des impacts potentiels en cas de pandémie pour faciliter la prise de décision.